Všestranné ovládače Joy-Con ponúknu množstvo prekvapivých herných zážitkov. Dva Joy-Con ovládače je možné používať každý v jednej ruke alebo spolu ako jeden herný ovládač pomocou Joy-Con gripu. Je tiež možné ich pripojiť ku konzole v rámci handheld módu alebo sa podeliť s kamarátom a v podporovaných tituloch si tak užiť multiplayerovú zábavu pre dvoch. Každý Joy-Con má vlastnú plnú sadu tlačidiel a môže byť teda používaný ako samostatný ovládač a zároveň je vybavený akcelerometrom a gyroskopickým pohybovým senzorom, čo umožňuje nezávislé pravé a ľavé pohybové ovládanie.
Ľavý Joy-Con ďalej obsahuje tlačidlo Capture, ktoré hráčom umožní jedným kliknutím pořizovať okamžité screenshoty ich hrania a deliť sa o ne s priateľmi prostredníctvom sociálnych sietí. Pravý Joy-Con zase obsahuje NFC bod na interakciu s amiibo figúrkami rovnako ako IR pohybovú kameru schopnú detekovať vzdialenosť, tvary a pohyb blízkych objektov v pre tieto funkcie špeciálne navrhnutých hrách. Napríklad táto funkcia dokáže určiť, ako ďaleko je hráčova ruka a aký formuje tvar.
Ovládače Joy-Con ďalej predstavujú pokročilú funkciu HD rumble, ktorá v kompatibilných hrách umožní hráčom cítiť oveľa realistickejšiu vibračnú odozvu než kedykoľvek predtým. Tento efekt je natoľko detailný, že hráči môžu napríklad cítiť vibrácie jednotlivých kociek ľadu vo vnútri pohára, ktorý bude práve Joy-Con simulovať. Vďaka funkcii HD rumble budú môcť hráči pocítiť novú úroveň realistickosti, nedosiahnuteľnú pomocou samotného zraku a sluchu!
