De alsidige Joy-Con-controllere byder på en række overraskende spiloplevelser. De to Joy-Con-controllere kan bruges hver for sig i én hånd eller samlet som én controller ved hjælp af Joy-Con-grippet. Det er også muligt at sætte dem på konsollen i håndholdt tilstand eller dele dem med en ven og nyde multiplayer-sjov for to i understøttede titler. Hver Joy-Con har sit eget fulde sæt knapper og kan derfor bruges som en selvstændig controller. De er desuden udstyret med accelerometer og gyroskopisk bevægelsessensor, hvilket muliggør uafhængig højre og venstre bevægelsesstyring.
Den venstre Joy-Con indeholder desuden en Capture-knap, som gør det muligt for spillere med ét klik at tage øjeblikkelige screenshots af deres spil og dele dem med venner via sociale medier. Den højre Joy-Con indeholder på sin side et NFC-punkt til interaktion med amiibo-figurer samt et IR-bevægelseskamera, der kan registrere afstand, former og bevægelse af nærliggende objekter i spil, der er specialdesignet til disse funktioner. Denne funktion kan for eksempel fastslå, hvor langt spillerens hånd er væk, og hvilken form den laver.
Joy-Con-controllere tilbyder også den avancerede HD Rumble-funktion, som i kompatible spil giver spillerne en langt mere realistisk vibrationsfeedback end nogensinde før. Effekten er så detaljeret, at spillerne for eksempel kan mærke vibrationerne fra de enkelte isterninger inde i et glas, som Joy-Con’en simulerer. Med HD Rumble kan spillerne opleve et nyt niveau af realisme, som ikke kan opnås ved hjælp af syn og hørelse alene!
