De alsidige Joy-Con-controllere tilbyder en række overraskende spiloplevelser. De to Joy-Con kan bruges hver i én hånd eller samlet som én controller ved hjælp af Joy-Con-grippet. De kan også sættes på konsollen i håndholdt tilstand, eller deles med en ven for at nyde multiplayer for to i understøttede titler. Hver Joy-Con har sit eget fulde sæt knapper og kan derfor bruges som en selvstændig controller, og er samtidig udstyret med accelerometer og gyroskopisk bevægelsessensor, hvilket muliggør uafhængig højre- og venstre-bevægelsesstyring.
Den venstre Joy-Con har desuden en Capture-knap, som gør det muligt for spillere med ét klik at tage øjeblikkelige screenshots af deres spil og dele dem med venner via sociale medier. Den højre Joy-Con har en NFC-sensor til interaktion med amiibo-figurer samt et IR-bevægelseskamera, der kan registrere afstand, former og bevægelser af nærliggende objekter i spil, der er designet til disse funktioner. For eksempel kan denne funktion fastslå, hvor langt spillerens hånd er væk, og hvilken form den laver.
Joy-Con-controllerne byder også på avanceret HD rumble, som i kompatible spil giver spillerne en langt mere realistisk vibrationsfeedback end tidligere. Effekten er så detaljeret, at man for eksempel kan mærke vibrationerne fra enkelte isterninger inde i et glas, som Joy-Con simulerer. Med HD rumble kan spillerne opleve et nyt niveau af realisme, som ikke kan opnås med syn og hørelse alene!
