Wszechstronne kontrolery Joy-Con oferują wiele zaskakujących wrażeń z gry. Dwa kontrolery Joy-Con można używać każdy w jednej ręce lub razem jako jeden kontroler za pomocą uchwytu Joy-Con. Można je też podłączyć do konsoli w trybie przenośnym albo podzielić się jednym ze znajomym i w obsługiwanych tytułach cieszyć się zabawą wieloosobową dla dwóch osób. Każdy Joy-Con ma własny pełny zestaw przycisków, dzięki czemu może być używany jako samodzielny kontroler, a dodatkowo wyposażony jest w akcelerometr i żyroskopowy czujnik ruchu, co umożliwia niezależne sterowanie ruchem prawą i lewą ręką.
Lewy Joy-Con zawiera także przycisk Capture, który pozwala graczom jednym kliknięciem wykonywać natychmiastowe zrzuty ekranu z rozgrywki i udostępniać je znajomym w mediach społecznościowych. Prawy Joy-Con z kolei ma punkt NFC do interakcji z figurkami amiibo, a także kamerę ruchu IR zdolną wykrywać odległość, kształty i ruch pobliskich obiektów w grach specjalnie zaprojektowanych pod te funkcje. Na przykład potrafi określić, jak daleko znajduje się dłoń gracza i jaki przyjmuje kształt.
Kontrolery Joy-Con oferują również zaawansowaną funkcję wibracji HD rumble, która w kompatybilnych grach zapewnia znacznie bardziej realistyczną informację zwrotną niż kiedykolwiek wcześniej. Efekt jest tak szczegółowy, że gracze mogą na przykład wyczuć wibracje pojedynczych kostek lodu wewnątrz szklanki, którą Joy-Con akurat symuluje. Dzięki HD rumble gracze doświadczą nowego poziomu realizmu, nieosiągalnego jedynie przy pomocy wzroku i słuchu!
